статус филиала? юрлицо со своим унп? должно быть разрешение с этим унп. аргумент "так было с 2012 года" забудьте. вносите изменение в разрешение, получайте новое. и дело даже не в том, что "директор не хочет" - в конце концов финансовые вопросы можно решить выставлением счета - а в том, на каком основании предприятие захоранивает отходы другого предприятия под свое разрешение.
Ну или отказное просите, чтобы захоранивать.