Полина, думаю, что в договоре оказания услуг со вторым предприятием, Вам лучше тогда прописать ясно и конкретно, с какого момента и, что Вы являетесь собственником образующихся отходов.Так как, по сути, исходный производственный материал и оборудование, является Вашей собственностью, используется в Ваших интересах и проходит по бухгалтерии у Вас. Вы у них арендуете только их рабочую силу. Источником образования отходов явилось Ваше имущество при разделке материала. Но что бы не было путаницы, лучше это прописать это в договоре по использованию станков, кто собственник образующихся отходов, что бы и медведю понятно было в случае чего. Отдельно инструкцию Вам на этот отход делать, я думаю, не надо, но он должен быть у Вас отинвентаризирован, включен в акт инвентаризации, а порядок обращения с ним прописан в вашей общей инструкции, с указанием карто-схем источников образования отходов и мест его временного хранения. Той организации, которая будет оказывать Вам данную услугу, так же необходима инструкция, но без включения в нее обрезков материалов, но с указанием смета из производственного помещения, так как источник образования смета и процесс, является результатом их деятельности по уборке их помещений. Ну, как-то так, если ошибся немного,просьба строго не ругать. 
